1 यूनिट (यू) टाक प्लेटिनम डीएनए पोलीमरेज़ गतिविधि को एंजाइम की मात्रा के रूप में परिभाषित किया गया है, जो ७४ डिग्री सेल्सियस पर ७४ डिग्री सेल्सियस पर एसिड-अघुलनशील पदार्थों में १० एनएमओएल डीऑक्सीन्यूक्लियोटाइड्स को शामिल करने के लिए ३० मिनट के भीतर सक्रिय सैल्मन शुक्राणु डीएनए का उपयोग टेम्पलेट/प्राइमर के रूप में किया जाता है।
एसडीएस-पेज डिटेक्शन द्वारा शुद्धता ९९% से अधिक है; बहिर्जात न्यूक्लीज की कोई गतिविधि का पता नहीं चला है; मानव जीनोम में सिंगल-कॉपी जीन को प्रभावी ढंग से बढ़ाया जा सकता है; एक सप्ताह के लिए कमरे के तापमान पर संग्रहीत करने पर कोई महत्वपूर्ण गतिविधि नहीं बदलती है।
इसमें 5′-3′ एक्सोन्यूक्लिज़ गतिविधि और 3′-5′ एक्सोन्यूक्लिज़ गतिविधि है, और इसकी निष्ठा पीएफयू पोलीमरेज़ के बगल में है। Taq प्लेटिनम पोलीमरेज़ की विस्तार गति Pfu पोलीमरेज़ की तुलना में तेज़ है और प्रवर्धन दक्षता अधिक है। पीसीआर उत्पादों को सीधे ब्लंट एंड से जोड़ा जा सकता है या टीए वेक्टर के साथ क्लोन किया जा सकता है। यदि क्लोनिंग दक्षता में सुधार करने की आवश्यकता है, तो पहले शुद्ध करने और टीए वेक्टर में क्लोनिंग करने से पहले 3'-डीए ओवरहैंग जोड़ने की सिफारिश की जाती है।
वन-ट्यूब टाक प्लेटिनम मास्टरमिक्स (नेशनल हाई-टेक प्रोडक्ट सर्टिफिकेशन)
टैक प्लेटिनम मास्टरमिक्स ने पीसीआर प्रतिक्रिया की विशिष्टता और संवेदनशीलता में सुधार किया है और उच्च जीसी सामग्री, माध्यमिक संरचना और इसी तरह के जटिल टेम्पलेट्स को बढ़ा सकता है। अधिक सटीक प्रयोगात्मक परिणाम सुनिश्चित करते हुए, लक्ष्य टेम्पलेट की कम से कम 2 प्रतियों को बढ़ाया जा सकता है।
अद्वितीय टाक प्लेटिनम मास्टरमिक्स फॉर्मूला पूरी प्रतिक्रिया प्रणाली को बहुत स्थिर बनाता है, और गतिविधि 4 डिग्री सेल्सियस पर बार-बार फ्रीज-पिघलना या दीर्घकालिक भंडारण से प्रभावित नहीं होगी।
स्थिर और कुशल पूर्व-तैयार पीसीआर मिश्रित समाधान ऑपरेशन को तेज और सरल बना सकता है, श्रम तीव्रता और नमूनाकरण त्रुटि को बहुत कम कर सकता है। मिश्रण में उच्च-प्रदर्शन पीसीआर एन्हांसर और ऑप्टिमाइज़र भी शामिल हैं, जो पीसीआर स्थितियों पर आवश्यकताओं को कम करता है।
इस उत्पाद में डाई-युक्त और डाई-फ्री सिस्टम दोनों हैं। डाई युक्त मास्टरमिक्स उत्पादों को पीसीआर के बाद सीधे इलेक्ट्रोफोरेस किया जा सकता है, बिना लोडिंग बफर को जोड़े।
यह जीनोम जैसे जटिल टेम्पलेट्स से उच्च निष्ठा उत्पादों को बढ़ाने के लिए पीएफयू पोलीमरेज़ को प्रतिस्थापित कर सकता है, और यह अभिव्यक्ति जीनों के क्लोनिंग, साइट-विशिष्ट उत्परिवर्तन और एकल न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता (एसएनपी) के विश्लेषण आदि जैसे अनुप्रयोगों के लिए उपयुक्त है।
पीसीआर प्राइमरों को डिजाइन करने में सावधानियां:
प्राइमर की लंबाई आमतौर पर 20-25 मेर होती है। हालांकि, लंबे टुकड़े पीसीआर प्रदर्शन करते समय, प्राइमर की लंबाई 30-35 मेर तक बढ़ाई जानी चाहिए।
दो प्राइमरों के बीच कोई पूरक जोड़ी नहीं है, विशेष रूप से 3′ छोर पर अंतिम 3 आधारों के लिए।
जीसी सामग्री 50-60% होनी चाहिए, और स्थानीय समृद्ध जीसी या एटी से बचें। प्राइमर और टेम्प्लेट को मजबूती से बाँधने के लिए, 3′ सिरे पर एटी रिच स्ट्रक्चर से बचें।
माध्यमिक संरचना बनाने के लिए प्राइमर से बचें।
एक दूसरे के करीब Tm तापमान वाले दो प्राइमर चुनें।
पीसीआर के लिए प्राइमरों के टीएम मूल्य की गणना:
जब प्राइमर 20 मेर से कम हो: Tm=2°C×(A+T)+4°C×(G+C)।
■ जब प्राइमर 20 मेर से अधिक हो: Tm=81.5+0.41×(GC%)-600/L, जहां L प्राइमर की लंबाई है।
एनीलिंग तापमान (Tm-5)°C पर सेट करें।
प्राइमरों की उपयुक्त अंतिम सांद्रता को 0.1 माइक्रोन और 1.0 माइक्रोन के बीच चुना जा सकता है। बहुत कम प्राइमर सांद्रता से प्रवर्धन उत्पादों की कम उपज होती है, जबकि बहुत अधिक प्राइमर सांद्रता गैर-विशिष्ट प्रवर्धन के लिए अधिक प्रवण होती है। आमतौर पर, जब टेम्प्लेट डीएनए की मात्रा बड़ी होती है या जटिल टेम्प्लेट डीएनए (जैसे मानव जीनोम डीएनए) का उपयोग टेम्प्लेट के रूप में किया जाता है, तो प्राइमर की सांद्रता कम होनी चाहिए। जब टेम्प्लेट डीएनए की मात्रा छोटी या साधारण टेम्प्लेट डीएनए (जैसे, प्लास्मिड डीएनए, आदि) को टेम्प्लेट के रूप में उपयोग किया जाता है, तो प्राइमर एकाग्रता अधिक होनी चाहिए।
सभी उत्पादों को ODM/OEM के लिए अनुकूलित किया जा सकता है। ब्योरा हेतु,कृपया क्लिक करें अनुकूलित सेवा (ODM/OEM)
1 केबी टुकड़ा बढ़ाना टेम्पलेट के रूप में जीनोमिक डीएनए का प्रयोग करें। पीसीआर प्रतिक्रिया के बाद, वैद्युतकणसंचलन का पता लगाने के लिए 5 μl ले लो। |
ए-1 टेम्पलेट
टेम्पलेट में प्रोटीन अशुद्धियाँ या Taq अवरोधक, आदि शामिल हैं ——डीएनए टेम्पलेट को शुद्ध करें, प्रोटीन अशुद्धियों को दूर करें या शुद्धिकरण किट के साथ टेम्पलेट डीएनए निकालें।
टेम्पलेट का विकृतीकरण पूर्ण नहीं है ——विकृतीकरण तापमान को उचित रूप से बढ़ाएं और विकृतीकरण समय को लंबा करें।
टेम्प्लेट डिग्रेडेशन ——टेम्पलेट को फिर से तैयार करें।
ए-2 प्राइमर
■ प्राइमरों की खराब गुणवत्ता ——प्राइमर को फिर से संश्लेषित करें।
प्राइमर डिग्रेडेशन ——उच्च सांद्रता वाले प्राइमरों को परिरक्षण के लिए छोटी मात्रा में विभाज्य करें। एकाधिक ठंड और विगलन या लंबे समय तक 4 डिग्री सेल्सियस क्रायोप्रेज़र्व्ड से बचें।
प्राइमरों का अनुचित डिज़ाइन (उदाहरण के लिए प्राइमर की लंबाई पर्याप्त नहीं है, प्राइमरों के बीच डिमर का गठन, आदि) -रीडिज़ाइन प्राइमर (प्राइमर डिमर और सेकेंडरी स्ट्रक्चर के गठन से बचें)
ए-3 मिलीग्राम2+एकाग्रता
एमजी2+ एकाग्रता बहुत कम है —— उचित रूप से Mg . बढ़ाएँ2+ एकाग्रता: Mg . का अनुकूलन करें2+ इष्टतम Mg . निर्धारित करने के लिए 0.5 मिमी के अंतराल के साथ 1 मिमी से 3 मिमी तक प्रतिक्रियाओं की एक श्रृंखला द्वारा एकाग्रता2+ प्रत्येक टेम्पलेट और प्राइमर के लिए एकाग्रता।
ए -4 एनीलिंग तापमान
उच्च एनीलिंग तापमान प्राइमर और टेम्पलेट के बंधन को प्रभावित करता है। ——एनीलिंग तापमान को कम करें और 2 डिग्री सेल्सियस की ढाल के साथ स्थिति को अनुकूलित करें।
ए-5 विस्तार समय
■ लघु विस्तार समय——विस्तार समय बढ़ाएँ।
घटना: नकारात्मक नमूने लक्ष्य अनुक्रम बैंड भी दिखाते हैं।
ए-1 पीसीआर का संदूषण
लक्ष्य अनुक्रम या प्रवर्धन उत्पादों का क्रॉस संदूषण ——ध्यान से नकारात्मक नमूने में लक्ष्य अनुक्रम वाले नमूने को पिपेट न करें या उन्हें अपकेंद्रित्र ट्यूब से बाहर न फैलाएं। मौजूदा न्यूक्लिक एसिड को खत्म करने के लिए अभिकर्मकों या उपकरणों को ऑटोक्लेव किया जाना चाहिए, और संदूषण के अस्तित्व को नकारात्मक नियंत्रण प्रयोगों के माध्यम से निर्धारित किया जाना चाहिए।
अभिकर्मक संदूषण ——अभिकर्मकों को विभाज्य करें और कम तापमान पर स्टोर करें।
ए-2 प्राइमr
एमजी2+ एकाग्रता बहुत कम है —— उचित रूप से Mg . बढ़ाएँ2+ एकाग्रता: Mg . का अनुकूलन करें2+ इष्टतम Mg . निर्धारित करने के लिए 0.5 मिमी के अंतराल के साथ 1 मिमी से 3 मिमी तक प्रतिक्रियाओं की एक श्रृंखला द्वारा एकाग्रता2+ प्रत्येक टेम्पलेट और प्राइमर के लिए एकाग्रता।
अनुचित प्राइमर डिज़ाइन, और लक्ष्य अनुक्रम में गैर-लक्षित अनुक्रम के साथ समरूपता है। —— प्राइमरों को फिर से डिजाइन करें।
घटना: पीसीआर प्रवर्धन बैंड अपेक्षित आकार के साथ असंगत होते हैं, या तो बड़े या छोटे, या कभी-कभी दोनों विशिष्ट प्रवर्धन बैंड और गैर-विशिष्ट प्रवर्धन बैंड होते हैं।
ए-1 प्राइमर
■ खराब प्राइमर विशिष्टता
—— प्राइमर को फिर से डिजाइन करें।
प्राइमर की सघनता बहुत अधिक है ——विकृतीकरण तापमान को ठीक से बढ़ाएँ और विकृतीकरण समय को लम्बा करें।
ए-2 मिलीग्राम2+ एकाग्रता
एमजी2+ एकाग्रता बहुत अधिक है ——Mg2+ सांद्रता को ठीक से कम करें: Mg . को ऑप्टिमाइज़ करें2+ इष्टतम Mg . निर्धारित करने के लिए 0.5 मिमी के अंतराल के साथ 1 मिमी से 3 मिमी तक प्रतिक्रियाओं की एक श्रृंखला द्वारा एकाग्रता2+ प्रत्येक टेम्पलेट और प्राइमर के लिए एकाग्रता।
ए-3 थर्मोस्टेबल पोलीमरेज़
अत्यधिक एंजाइम मात्रा - 0.5 यू के अंतराल पर एंजाइम की मात्रा को उचित रूप से कम करें।
ए -4 एनीलिंग तापमान
एनीलिंग तापमान बहुत कम है - एनीलिंग तापमान को उचित रूप से बढ़ाएं या दो-चरण एनीलिंग विधि अपनाएं
ए-5 पीसीआर चक्र
बहुत अधिक पीसीआर चक्र ——पीसीआर चक्रों की संख्या कम करें।
ए-1 प्राइमर——खराब विशिष्टता ——प्राइमर को फिर से डिज़ाइन करें, इसकी विशिष्टता बढ़ाने के लिए प्राइमर की स्थिति और लंबाई बदलें; या नेस्टेड पीसीआर करें।
A-2 टेम्प्लेट डीएनए
——टेम्पलेट शुद्ध नहीं है ——टेम्पलेट को शुद्ध करें या शुद्धिकरण किट से डीएनए निकालें।
ए-3 मिलीग्राम2+ एकाग्रता
——एमजी2+ एकाग्रता बहुत अधिक है ——Mg . को ठीक से कम करें2+ एकाग्रता: Mg . का अनुकूलन करें2+ इष्टतम Mg . निर्धारित करने के लिए 0.5 मिमी के अंतराल के साथ 1 मिमी से 3 मिमी तक प्रतिक्रियाओं की एक श्रृंखला द्वारा एकाग्रता2+ प्रत्येक टेम्पलेट और प्राइमर के लिए एकाग्रता।
ए-4 डीएनटीपी
——dNTPs की सांद्रता बहुत अधिक है ——dNTP की सांद्रता को उचित रूप से कम करें
ए -5 एनीलिंग तापमान
——बहुत कम एनीलिंग तापमान ——एनीलिंग तापमान को उचित रूप से बढ़ाएं
ए-6 चक्र
——बहुत सारे चक्र ——चक्र संख्या को अनुकूलित करें
पहला कदम उपयुक्त पोलीमरेज़ चुनना है। नियमित टाक पोलीमरेज़ 3'-5' एक्सोन्यूक्लिज़ गतिविधि की कमी के कारण प्रूफरीड नहीं कर सकता है, और बेमेल टुकड़ों की विस्तार दक्षता को बहुत कम कर देगा। इसलिए, नियमित टाक पोलीमरेज़ 5 केबी से बड़े लक्ष्य अंशों को प्रभावी ढंग से नहीं बढ़ा सकता है। विस्तार दक्षता में सुधार और लंबे टुकड़े के प्रवर्धन की जरूरतों को पूरा करने के लिए विशेष संशोधन या अन्य उच्च निष्ठा पोलीमरेज़ के साथ टाक पोलीमरेज़ का चयन किया जाना चाहिए। इसके अलावा, लंबे टुकड़ों के प्रवर्धन के लिए भी प्राइमर डिजाइन, विकृतीकरण समय, विस्तार समय, बफर पीएच, आदि के अनुरूप समायोजन की आवश्यकता होती है। आमतौर पर, 18-24 बीपी वाले प्राइमर बेहतर उपज दे सकते हैं। टेम्पलेट क्षति को रोकने के लिए, ९४ डिग्री सेल्सियस पर विकृतीकरण का समय प्रति चक्र ३० सेकंड या उससे कम होना चाहिए, और प्रवर्धन से पहले तापमान को ९४ डिग्री सेल्सियस तक बढ़ाने का समय १ मिनट से कम होना चाहिए। इसके अलावा, विस्तार तापमान को लगभग 68 डिग्री सेल्सियस पर सेट करना और 1 केबी/मिनट की दर के अनुसार विस्तार समय को डिजाइन करना लंबे टुकड़ों के प्रभावी प्रवर्धन को सुनिश्चित कर सकता है।
उच्च निष्ठा के साथ विभिन्न डीएनए पोलीमरेज़ का उपयोग करके पीसीआर प्रवर्धन की त्रुटि दर को कम किया जा सकता है। अब तक पाए गए सभी टाक डीएनए पोलीमरेज़ में, पीएफयू एंजाइम की त्रुटि दर सबसे कम और उच्चतम निष्ठा है (संलग्न तालिका देखें)। एंजाइम चयन के अलावा, शोधकर्ता प्रतिक्रिया की स्थिति को अनुकूलित करके पीसीआर उत्परिवर्तन दर को और कम कर सकते हैं, जिसमें बफर संरचना का अनुकूलन, थर्मोस्टेबल पोलीमरेज़ की एकाग्रता और पीसीआर चक्र संख्या का अनुकूलन शामिल है।
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